为什么不会得子宫腺肌症？确实的病原机制并不确切。多数学者指出与遗传、受损（如刮宫和剖宫产）、低雌激素血症、病毒感染有关。通过对子宫腺肌症标本展开倒数切片检查，找到子宫肌层中的内膜病灶与宫腔面的子宫内膜有些是必要连接的，故一般指出多次胎儿和怀孕时子宫壁的后遗症和慢性子宫内膜炎有可能是造成此病的主要原因。

此外，由于子宫内膜基底膜下缺少粘膜下层，且子宫腺肌病经常拆分有子宫肌瘤和子宫内膜炎症过长，故有人指出基底层子宫内膜入侵肌层有可能与低雌激素的性刺激有关。将手术拆下的肿大子宫缝合仔细观察，可以找到有新鲜或陈旧的子宫肌层发炎，这是异位的子宫内膜的组织在子宫肌层导致的展现出。有些在子宫肌层的异位内膜的组织甚至不会有细胞分裂、黏液、蜕膜简化等类似于月经周期的变化。

虽然对验尸及因病手术子宫的标本不作倒数切片检查，找到10～47%的子宫肌层中有子宫内膜的组织，但其中仅有70%有临床症状。子宫腺肌病的发作原因，通过病理切片检查找到，子宫肌层中的异位内膜与宫腔表面的异位内膜有必要地下通道连接，故目前多指出是由于多次胎儿人流及怀孕，以及宫腔手术等导致子宫内膜或深肌层受损，基底层子宫内膜入侵子宫生长而发作。还有可能与雌激素的出现异常黏液及低催乳素血症有关，故又称为激素依赖性疾病。

子宫腺肌病（adenomyosis），又称内在性子宫内膜异位症，为子宫内膜入侵子宫肌壁层，归属于子宫内膜异位症的一种类似型，可以和“外在”或主要是盆腔子宫内膜异位症同时不存在。子宫内膜可以两种形式入侵子宫肌壁层，即弥漫型和局限型。

前者为异位内膜入侵整个子宫的肌壁内，在有所不同部位其入侵范围和厚薄可有所不同；后者异位内膜仅有侵及某部分肌壁，已成子宫肌瘤，但其与周围长时间的组织并无分界（假包膜）。

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